Башкирский государственный медицинский университет вошел в интервальную группу 801-900 международного рейтинга MosIUR и в группу 30-36 среди российских вузов. Он занимает прочную 4-ю позицию среди медицинских вузов, оставляя позади себя Первый Московский государственный медицинский университет имени И. М. Сеченова, Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И. П. Павлова и ФГАОУ ВО "Российский Национальный Исследовательский Медицинский Университет им. Н. И. Пирогова".
БГМУ – один из основных резидентов Межвузовского кампуса Евразийского НОЦ. Университет занимает 2 этажа современного научного пространства.
БГМУ занял прочные позиции в главном Московском международном рейтинге вузов, благодаря участию в программе «Приоритет-2030» и другим преобразованиям.
Из всех вузов Башкирии в этот рейтинг вошли только УГНТУ и УУНиТ (объединенный вуз БашГУ и УГАТУ), с рангом по стране 86-127 и 128-154 соответственно.