Два лайнера столкнулись на высоте 12 тысяч метров. Ту‑154 выполнял чартерный рейс из Москвы в Барселону (Испания), Boeing‑757 компании DHL летел из Бергамо (Италия) в Брюссель. На борту Ту‑154 находились 12 членов экипажа и 57 пассажиров - 52 ребенка и пять взрослых.
Дети летели на отдых в Испанию в качестве поощрения за отличную учебу Комитетом по делам ЮНЕСКО Башкирии. Также в самолете находилась семья из Владикавказа - Светлана Калоева с 10‑летним Костей и 4‑летней Дианой, летевшие к мужу в Испанию, где тот работал по контракту.
В результате столкновения Ту‑154 развалился в воздухе на несколько частей, которые упали в окрестностях немецкого города Юберлинген.
В ту ночь в авиадиспетчерском центре "Скайгайд" дежурил один диспетчер вместо положенных двух - Питер Нильсен. Он отдал экипажу Ту‑154 команду на снижение, когда сближавшиеся самолеты уже не могли занять безопасные эшелоны.
Аппаратура телефонной связи и автоматического оповещения персонала центра об опасном сближении самолетов была отключена. Не работали основная и резервная телефонные линии. Диспетчер из германского города Карлсруэ, заметивший опасное сближение самолетов,11 раз пытался безуспешно дозвонитьсядо швейцарских коллег.
После авиакатастрофы Нильсен был отстранен от работы, а в отношении компании "Скайгайд" и ее руководства швейцарские следственные органы провели уголовное расследование.
24 февраля 2004 года Питер Нильсен был убит в своем доме в пригороде Цюриха Виталием Калоевым, потерявшим в авиакатастрофе всю свою семью. Калоев хотел показать Нильсену фотографии погибших жены и детей, но тот его оттолкнул. Убитый горем Калоев напал на Нильсена и убил его. В октябре 2005 года он был признан виновным в убийстве и приговорен к восьми годам заключения. В ноябре 2007 года он был досрочно освобожден и вернулся на родину, в Северную Осетию.
В память о погибших в авиакатастрофе над Боденским озером ежегодно проходят траурные мероприятия. В июле 2003 года на Южном кладбище города Уфы был открыт мемориальный комплекс, посвященный жертвам катастрофы.